จุลินทรีย์ ( microorganism) เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก ที่ไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าจึงจำเป็นต้องใช้กล้องจุลทรรศน์ ได้แก่ แบคทีเรีย อาร์เคีย รา และ ยีสต์ เป็นต้น เราสามารถพบจุลินทรีย์ได้ทุกสภาวะแวดล้อม แม้แต่ในสภาวะแวดล้อมที่สิ่งมีชีวิตอื่นอยู่ไม่ได้ แต่จุลินทรีย์บางชนิดสามารถปรับตัวอาศัยอยู่ได้ เช่น ในน้ำพุร้อนบริเวณภูเขาไฟใต้ทะเลลึก หรือภูเขาไฟธรรมดา ใต้มหาสมุทรที่มีความกดดันของน้ำสูงๆ ในน้ำแข็งที่มีอุณหภูมิเย็นจัด บริเวณที่มีสภาพความเป็นกรดด่างสูง หรือแม้กระทั่งในบริเวณที่ไม่มีออกซิเจนส่วนใหญ่หมายถึงสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว หรือหลายๆเซลล์ โดยแต่ละเซลล์เป็นอิสระจากกัน มันคือ ไวรัสชนิดหนึ่ง ที่สามารถนำมาใช้ประโยชน์ได้
ประโยชน์ของจุลินทรีย์ในด้านต่างๆ
จุลินทรีย์กับสิ่งแวดล้อม ในปัจจุบันนิยมนำจุลินทรีย์มาช่วยรักษาสิ่งแวดล้อมให้สะอาด โดยเฉพาะในโรงงานอุตสาหกรรมที่มีการปนเปื้อนของสารพิษเหล่านนี้อยู่ทั้ง
ที่ปนเปื้อนในแหล่งน้ำและในดิน เช่น การนำจุลินทรีย์มาบำบัดสารมลพิษที่ย่อยสลายยาก ทั้งที่เป็นสารอินทรีย์และสารอนินทรีย์โดยจุลินทรีย์เหล่านี้ จะย่อยสลายสารมลพิษเหล่านี้ให้มีความเป็นพิษน้อยลงหรือย่อยจนสารพิษนั้นหมดไป ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความเป็นพิษของสารนั้นและชนิดของจุลินทรีย์ที่นำมาบำบัด